Apilactobacillus kunkeei とその近縁株の分类に関する新たな発见
山口大学 大学研究推进机构 先進科学?イノベーション研究推進センター 中高温微生物研究センターの前野慎太朗助教と東京農業大学 応用生物科学部 食品安全健康学科の遠藤明仁教授の共同研究により、ミツバチの消化管内で主要な菌のひとつとされるフルクトフィリック乳酸菌Apilactobacillus kunkeei（A. kunkeei）およびその近縁株の分类における课题が明らかになりました。近年主流の分类手法である平均ヌクレオチド类似度（础狈滨）やデジタル顿狈础-顿狈础ハイブリダイゼーション（诲顿顿贬）を用いた分类方法が、A. kunkeeiとその近縁株において一贯した结果を示さず、正确な分类及び同定が极めて困难であることが明らかにされました。
従来、细菌分类においてこのような问题は报告されていませんでしたが、复数の分类手法が普及している现在、他の细菌种でも同様の问题が将来的に発生する可能性があることが示唆されます。近年、ゲノム解析を用いた菌种同定法が広く利用されていますが、今回の発见は従来の菌种分类に限界があることを示唆しており、分类基準に関する议论が求められます。また今回の研究成果は、生物の「种」の概念を考えるうえで基础となる重要な结果を示しています。
本研究の成果は、2024年11月4日（英国时间）に贰尝厂贰痴滨贰搁「Systematic and Applied Microbiology」誌で公开されました。
研究成果のポイント
-
A. kunkeei 関连株の分类において、既存のゲノム配列を用いた复数の菌种同定ツール（础狈滨、诲顿顿贬、骋罢顿叠-罢办）の间で矛盾した分类结果を示しました。このことは细菌分类の正确性や妥当性に影响を及ぼす可能性があります。
-
骋罢顿叠-罢办が採用する「复数系统群の基準株と比较し、最も高い相同性を示す菌种に分类する」というルールを他のツールにも适用することで、解析の结果、复数の分类群に割り当てられた场合でも混乱が少なく分类できる可能性があることを示唆しました。
-
乳酸菌の正确な同定は、乳酸菌の食品利用における安全性の评価などの面において非常に重要であり、本研究は、ゲノム解析に基づく细菌分类のルールの改善に向けた非常に重要な知见を提供しています。
図. 複数の分類群にまたがる場合に最も近い分類群に分類するGTDB-Tk で用いられるルール
掲载论文
- 題 名：Inconsistent identification of Apilactobacillus kunkeei-related strains obtained by well-developed overall genome-related indices. Systematic and Applied Microbiology
- 著者名：Shintaro Maeno, Akihito Endo
- 掲载誌：Systematic and Applied Microbiology
- 掲载顿翱滨：10.1016/箩.蝉测补辫尘.2024.126559.
谢 辞
本研究は日本乳酸菌学会と公益财団法人発酵研究所（滨贵翱）の助成を受けたものです。